O retratamento endodôntico tem como principal objetivo a remoção total do material obturador, para permitir a modelagem, sanificação e reobturação do canal radicular. Este estudo teve como objetivo avaliar a extrusão apical após a desobturação de canais radiculares efetuada com dois diferentes sistemas, rotatório e reciprocante. Foram selecionados 34 dentes pré-molares inferiores extraídos, unirradiculares, preparados e obturados, que após o envelhecimento do material obturador foram divididos em dois grupos conforme o método de desobturação: no Grupo 1, instrumentos ProTaper^® Universal D^® e refinamento com sequência Hero 642^® (n. 14) e no Grupo 2, WaveOne^® (n. 14). A coleta da extrusão apical foi por um novo sistema que foi testado em estudo piloto (n. 6), sendo assim validado esta metodologia. Os dados coletados da extrusão apical foram analisados estatisticamente pelo teste t de Student ao nível de 95% de confiança (p<0,05). Não houve diferença significativa entre os grupos no que diz respeito ao material extruído durante o retratamento endodôntico. Pode-se concluir que, ambos os sistemas promovem extrusão apical durante o retratamento endodôntico.